COVID-19 : l’actualité des clusters en France

08 Juin 2020
L'épidémie est contrôlée. Certes, le virus continu à circuler, mais il chemine à petite vitesse. L'hypothèse d'une deuxième vague est débattue : il n'y en aurait pas du tout, ou bien à l'automne, ou plus tard ? Nul ne peut rien affirmer. "Nous allons tous conserver les mesures de distanciation, le port du masque en zone publique et dans les transports, le lavage des mains, toutes pratiques qui vont devenir habituelles", a rappelé le président du conseil scientifique COVID-19, le Pr Jean-François Delfraissy, dont les propos sont néanmoins plutôt optimistes.

Après les points réguliers de Santé publique France relayés dans Vidal News  (voir les actualités VIDAL du 7 [partie 1 et partie 2], 141724 avril, du 41115  et 25 
mai et du 2 juin 2020), dans les semaines qui viennent, la traque des clusters, leur suivi, leur traitement vont rester essentiels pour la maîtrise de l'épidémie. Toutes les occasions à risque comme le contact avec une personne symptomatique, la fréquentation d'un lieu d'échange fermé, doit être prétexte à détection et, si un cas se montre établi en RT-PCR, l'enquête devient indispensable dans l'entourage, pour repérer toute personne positive et prendre les mesures d'isolation prescrites.

La traque des clusters est capitale pour contrôler l'épidémie (illustration).


Trois points ont été abordés dans le relevé hebdomadaire de Santé publique France de la semaine 22 (du 24 au 30 mai 2020) :
 
  • le nombre de tests pratiqués ;
  • l'évolution du R = nombre de reproduction effectif ("R effectif") ;
  • les clusters suivis depuis le déconfinement.
 
Le nombre de tests pratiqués
Au cours de la semaine 22, 236 098 personnes ont été testées pour le SARS-CoV-2 et les tests se sont révélés positifs pour 3 520 patients. Une sous-estimation est cependant possible : en cause, les tests systématiques de patients symptomatiques pas toujours effectués et la non-identification des personnes asymptomatiques.
Le taux national hebdomadaire de positivité a été de 1,49 %. Ce taux est en diminution par rapport à la semaine précédente, soit la semaine 21 (1,9 %).
Ces données sont confirmées par le bilan délivré par la caisse nationale d'assurance maladie (CNAM) qui relève environ 2 % de tests positifs et trois cas contact par patient (à noter que l'on ne se situe pas dans le contexte des clusters).
 
Ainsi, aux premiers jours de juin, c'est probablement près de 1 600 000 tests qui ont été réalisés en France, autrement dit environ 2,5 % de la population a été testée.
 
Le nombre de reproduction effectif ou R effectif
Au 29 mai 2020, le nombre de reproduction effectif (le R0) national, calculé à partir des passages aux urgences pour suspicion de COVID-19 (cf. Tableau I) était de 0,76. Ce taux inférieur à 1 signifie qu'une personne infectée en contamine moins d'une autre et que l'épidémie est en régression.
Pour mémoire, le 15 mars 2020, soit quelques jours avant le pic de l'épidémie, le R effectif avait été estimé à 2,8. Il a ensuite diminué et, le 11 mai 2020, lors de la mise en place du déconfinement, il était de 0,8. Il est globalement stable depuis cette date.
Le nombre de reproduction R effectif est inférieur à 1 dans toutes les régions de métropole. La Guyane est une exception avec un R effectif à 2,95.
L'absence d'augmentation significative du R effectif depuis presque 4 semaines est un élément en faveur d'une absence de reprise de l'épidémie.
 
Tableau I - Nombre de reproduction effectif (R effectif) par région, France entière, du 23 au 29 mai 2020 (source : OSCOUR®)
NA : les données ne sont pas disponibles pour cette région ; NC : le taux de reproduction n'est pas calculable de façon fiable pour cette région en raison d'un nombre de cas insuffisant sur les 7 derniers jours.

Les clusters suivis depuis le déconfinement
Depuis la levée du confinement, le 11 mai 2020, les agences régionales de santé (ARS) en lien avec les cellules régionales de Santé publique France et les partenaires locaux, investiguent les clusters (foyers de transmission ou épisodes de cas groupés) qui sont détectés. Le traçage et le dépistage des personnes contact permettent de contrôler ces foyers.
Un cluster est défini par la survenue d'au moins 3 cas confirmés ou probables, dans une période de 7 jours, et qui appartiennent à une même communauté ou ont participé à un même rassemblement de personnes, qu'ils se connaissent ou non.
Au 3 juin 2020, un total de 150 clusters (hors EHPAD et milieu familial restreint) a été rapporté à Santé publique France : 142 clusters en France métropolitaine et 8 dans les départements régions d'outre-mer.
Parmi ces clusters, 66 % contiennent plus de 5 cas. Ils concernent des personnes en situation de précarité et de vulnérabilité (17 % en établissements d'hébergement social et d'insertion et 6 % en communautés vulnérables), des établissements de santé (27 %) et des entreprises (17 % en entreprises privées et publiques hors établissements de santé).
En termes de criticité (potentiel de transmission ou critères de gravité), 77 % des clusters ont été évalués comme étant de criticité modérée (40 %) à élevée (37 %).
La majorité des clusters est en cours d'investigation (62 %, N = 93) (clusters actifs en termes de nouveaux cas avec mise en place de premières mesures de contrôle), 23 % ont été maîtrisés (suivi des contacts en cours et absence de nouveaux cas 7 jours après le dernier cas), 15 % sont clôturés (absence de nouveaux cas 14 jours après la date de début des signes du dernier cas ET la fin de la quatorzaine de tous les contacts). Parmi les clusters en cours d'investigation, 40 % ont une criticité élevée (cf. Figure 1).
 
Figure 1 - Distribution des clusters (hors EHPAD et milieu familial restreint) par semaine de signalement, rapportés à Santé publique France entre le 9 mai et le 3 juin 2020 (N =150) (source : MONIC)
 
Le signalement de ces clusters en phase de déconfinement n'est pas une situation inattendue, du fait de la poursuite de la circulation du SARS-CoV-2 en France, de l'augmentation importante des capacités diagnostiques et de la recherche active de cas autour de chaque patient infecté. Leur identification résulte à la fois de signalements au niveau régional (point focal ARS), de l'identification et du suivi des contacts et des campagnes de dépistage.
Pour l'ensemble de ces clusters, les mesures de contrôle sont en place et une forte vigilance est maintenue quant au risque de diffusion. Les clusters survenus dans les établissements médico-sociaux ont été suivis tout au long de l'épidémie. Ils sont en nette diminution et le nombre de signalements est désormais très faible conformément à l'évolution de l'épidémie.
Parmi les clusters connus au 5 juin 2020, les détails suivants montrent le travail de "traque" accompli par les services impliqués :
  • En Nouvelle-Aquitaine, il existe 9 clusters en cours dont 1 à l'hôpital de Loudun où 280 personnes ont été testées et 23 sont positives. De plus, 1 enseignant de l'école maternelle Montjovis, à Limoges, a été testé positif au COVID 19 : l'école a été fermée et un dépistage collectif organisé sur 49 personnes.
  • Dans le Grand Est, 37 clusters ont été signalés depuis le 11 mai, touchant en tout 288 personnes, dans 6 établissements sanitaires, 24 établissements médicalisés pour personnes âgées et 4 établissements sociaux et médico-sociaux pour personnes âgées.
  • En Centre-Val de Loire, il a été signalé 2 clusters : un dans un abattoir de Fleury-les-Aubrais où 400 salariés ont été dépistés, parmi lesquels 79 ont été testés positifs ; un autre foyer à Tours, dans la résidence universitaire Grandmont, où 6 cas positifs ont été recensés sur 183 élèves testés.
  • En Île-de-France : 27 clusters ont été recensés, la majorité concernant des établissements sociaux d'hébergement et d'insertion (16 sur 27).
  • En Normandie : 5 clusters ont été rapportés dont 3 sont encore en cours d'investigation.
  • En Auvergne-Rhône-Alpes : il a été fait état de 6 clusters, dont 2 dans des établissements de santé, 1 dans un centre d'accueil et d'orientation, 1 dans une résidence sociale ainsi que 2 clusters familiaux élargis.
  • En Occitanie, 6 clusters ont été recensés, mais l'ARS parle de "306 situations sensibles. Il s'agit de cas groupés dans des collectivités où le virus a continué à circuler pendant le confinement" : 30 % concernaient des écoles et 20 % des établissements médicaux-sociaux.
  • En Pays de la Loire, il existe 15 clusters, dont 3 dans des EHPAD, 1 à l'hôpital de Saumur (23 cas positifs confirmés), 1 dans l'abattoir des Herbiers en Vendée (11 salariés testés positifs) et 1 au centre hospitalier du Mans.
  • En Bretagne, on compte 3 clusters comprenant 69 personnes travaillant dans l'abattoir Kerméné des Côtes-d'Armor qui ont été testées positives sur 200 tests réalisés, et 1 cluster dans un hôpital de Lannion.
  • Dans les Hauts-de-France, 11 clusters ont été rapportés.
  • En Bourgogne-Franche-Comté : 2 clusters sont signalés.
  • En région PACA, il existe 1 cluster, à Marseille, où trois sans-abris ont été testés positifs lors de prélèvements aléatoires réalisés dans un squat du 13e arrondissement. Une campagne de dépistage massif a été mise en place auprès de 160 personnes.
 
Aucune diffusion communautaire (survenue de nouveaux cas hors de la collectivité et en lien avec le cluster) non contrôlée n'a été rapportée.
 
Conclusion, des semaines 22  et 23
L'ensemble des indicateurs indique que la situation continue de s'améliorer.
Et, en dehors de Mayotte et de la Guyane où l'épidémie demeure active, sur le reste du territoire français on n'observe pas de signaux en faveur d'une reprise de l'épidémie.
Le virus continue cependant à circuler, comme en témoigne le nombre de cas confirmés ainsi que le signalement croissant de clusters et foyers depuis la levée du confinement.
Ces clusters sont maintenant bien identifiés, du fait de l'augmentation de la capacité de dépistage, de la forte mobilisation des ARS et des cellules régionales de Santé publique France. Aucune diffusion communautaire (survenue de nouveaux cas hors de la collectivité et en lien avec le cluster) non contrôlée n'a été signalée.
La plus grande vigilance reste néanmoins de mise : respect des mesures d'hygiène, de distanciation physique et d'utilisation du masque dans l'espace public.
L'offre de tests RT-PCR permet, quant à elle, de tester très rapidement toute personne symptomatique, ou contact d'un cas confirmé, pour mettre en œuvre sans délai l'isolement des personnes infectées.

©vidal.fr


Pour en savoir plus
Santé publique France. COVID-19 : point épidémiologique du 4 juin 2020